2004 წელი – საქართველოს საპატრიარქოს, ჯანმრთელობის დაცვის სამინისტროსა და არასამთავრობო ორგანიზაცია „ბიოეთიკური კვლევისა და კულტურის ცენტრის“ ერთობლივი ინიციატივისა და შეთანხმების საფუძველზე დაარსდა წმიდა თამარ მეფის სახელობის მოწყალების დების სასწავლებელი.

2006 წელი – არსებული სასწავლებლის ბაზაზე უწმიდესისა და უნეტარესის სრულიად საქართველოს კათოლიკოს–პატრიარქის ილია მეორის ლოცვა–კურთხევით თბილისის სასულიერო აკადემიის სტრუქტურაში იქმნება წმიდა თამარ მეფის სახელობის მოწყალების დებისა და სოციალური მედიცინის ინსტიტუტი ორი ფაკულტეტით: მოწყალების დების საქმე და ტრადიციული მედიცინა.

2007 წელი – დაარსდა ფსიქიკური ჯანმრთელობისა და ფსიქოთერაპიის პირველი ფაკულტეტი საქართველოში. ამავე წელს შედგა ინსტიტუტის პირველი გამოშვება სპეციალობით – „მოწყალების დების საქმე“.

2008 წელი – ინსტიტუტში იხსნება კიდევ ორი ახალი ფაკულტეტი:
1. პრევენციული და სოციალური მედიცინისა და ჯანდაცვის მენეჯმენტის;
2. ფიზიკური მედიცინისა და რეაბილიტაციის.

2009 წლის 12 მარტიდან სრულიად საქართველოს კათოლიკოს–პატრიარქის უწმიდესისა და უნეტარესის ილია II–ის ლოცვა–კურთხევითა და ბრძანებით არსებული ინსტიტუტის ბაზაზე არსდება საქართველოს საპატრიარქოს წმიდა თამარ მეფის სახელობის მედიცინის ინსტიტუტი.

2010 წლის 2 დეკემბრიდან უმაღლესი განათლების შესახებ საქართველოს კანონში განხორციელებული ცვლილებების შესაბამისად საპატრიარქოს მედიცინის ინსტიტუტს სრულიად საქართველოს კათოლიკოს–პატრიარქის უწმიდესისა და უნეტარესის ილია II–ის ლოცვა–კურთხევითა და ბრძანებით ეწოდა საქართველოს საპატრიარქოს წმიდა თამარ მეფის სახელობის სასწავლო უნივერსიტეტი.

2010 წლის 16 დეკემბერს განათლების ხარისხის განვითარების ეროვნული ცენტრის ავტორიზაციის საბჭოს გადაწყვეტილებით საქართველოს საპატრიარქოს წმიდა თამარ მეფის სახელობის სასწავლო უნივერსიტეტს მიენიჭა უმაღლესი საგანმანათლებლო დაწესებულების სტატუსი.

2011 წლის 26 იანვარს სრულიად საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქმა, უწმინდესმა და უნეტარესმა ილია მეორემ და საქართველოს განათლებისა და მეცნიერების მინისტრმა, დიმიტრი შაშკინმა საპატრიარქოში გამართულ შეხვედრაზე საპატრიარქოს წმიდა თამარ მეფის სასწავლო უნივერსიტეტის წარმომადგენლებს სასწავლებლისათვის საგანმანათლებლო სტატუსის მინიჭების დამადასტურებელი დოკუმენტი გადასცეს.

2011 წლის 2 მარტს მოსწავლე ახალგაზრდობის ეროვნული სასახლის სარკეებიან დარბაზში შედგა თამარ მეფის სასწავლო უნივერსიტეტის პრეზენტაცია.

2015 წლის 5 ივნისიდან არსებული სასწავლო უნივერსიტეტი განხორციელებული ცვლილებების შესაბამისად, სრულიად საქართველოს კათოლიკოს–პატრიარქის უწმიდესისა და უნეტარესის ილია II–ის ლოცვა–კურთხევითა და ბრძანებით ჩამოყალიბდა როგოც საქართველოს საპატრიარქოს წმინდა თამარ მეფის სახელობის უნივერსიტეტი და დაიწყო აკადემიური უმაღლესი განათლების სამივე საფეხურის განხორციელება.

2017 წლის 2 თებერვალს ევროკავშირის ორგანიზაციის ევროპული კომისიის განათლებისა და კულტურის დირექტორატმა თამარ მეფის უნივერსიტეტი დაარეგისტრირა სრულუფლებიან წევრად საიდენტიფიკაციო კოდით PIC: 914026442.